INCIVA a través del Museo Arqueológico Calima, con el apoyo de los laboratorios arqueo-botánica y  de arqueología localizados en el Museo Departamental  de Ciencias Naturales Federico Carlos Lehmann, viene desarrollando investigaciones arqueológicas desde 1981, relacionadas con yacimientos ubicados cronológicamente en el período prehispánico (10.000 años antes del presente hasta el siglo XVI d. C.).

Los proyectos ejecutados cuentan con un ingrediente  multidisciplinario, logrado mediante alianzas estratégicas con instituciones académicas, investigativas, museos, municipios y comunidad en general, lo que ha propiciado la  realización de proyectos esenciales para la región, los cuales han producido un corpus de información relevante, que hacen  el Suroccidente del país  una de las zonas del país mejor estudiadas  en el ámbito arqueológico.

Entre los proyectos adelantados de investigación por INCIVA se encuentran:

• La variabilidad mortuoria como indicador de cambios culturales en la población prehispánica Temprana  en el valle geográfico del río Cauca (1200 a.C y 700 d.C). Tesis Maestría Sonia Blanco. 2011.
• Paleodieta y paleodemografía en la población prehispánica temprana y tardía del valle geográfico del río Cauca. Universidad Nacional- INCIVA. 2009.
• Identificación, delimitación y caracterización de sitios arqueológicos en el municipio de Cali: Inventario y manejo del patrimonio arqueológico rural y urbano. (Meléndez-Ciudad Jardín, Zona de Pance, Pichindé- Montebello, Farallones de Cali, Kilómetro 18, Felidia, Cristo Rey- Terrón Colorado) INCIVA- Municipio de Cali, 2008.
• Programa de Investigación: Palmira Señorial Paisajes Pueblos y Culturas, Universidad Nacional, INCIVA, municipio de Palmira, Fundación Terrapreta. Universidad Nacional- INCIVA. 2004- 2007.
• Las Costumbres Funerarias de las Sociedades Agro-Alfareras Prehispánicas de la región de Samaria, en el curso alto del río Calima. Instituto Vallecaucano de Investigaciones Científicas. 1989-1990.
• Cambios medioambientales y culturales prehispánicos en el curso bajo del río Bolo, municipio de Palmira, Valle del Cauca. CIAT-INCIVA. 1989-1991. 

Programa de Registro e Inventario del Patrimonio Cultural Arqueológico Municipio de El Cairo - Valle del Cauca